石遵称帝后，尊其母郑氏为皇太后（老娘们儿苦尽甘来，其长子石邃被废杀时己被贬），以石斌的儿子石衍为皇太子，石鉴为侍中，石冲为太保，石苞为大司马，石琨为大将军，并封功劳最大的石闵为都督中外诸军事、辅国大将军、录尚书事，辅政。一直在上白抵拒张豺军队的李农也还朝，石遵复其官职。
公元349年五六月间，北中国天灾人祸频频。好好的初夏时节，暴风拔树，电闪雷鸣，自天而落的冰雹竟有水杯那么大，砸死行人无数。邺城的宫殿又因雷击起火，太武殿、晖华殿荡然无存，只留一地灰烬。大火连烧一个多月才灭，后赵帝国的“乘舆服御烧者大半，光焰照天，金石皆尽”。更为可怖的是，“雨血周遍邺城”，天落红雨，殷红如血。
坐镇蓟城的沛王石冲是石虎庶子，听闻石遵杀石世自立为帝，心中很是不服，对左右僚佐说：“石世是先帝御封的太子，石遵竟然废杀，罪逆滔天。传孤赦令，内外戒严，孤王要亲自率军征讨。”
石冲行动迅速，上午表志，下午就带领五万精兵向邺城进发，四处传檄，讨伐石遵。大军行至常山，各路人马已有十来万之众。
在苑乡扎营时，石冲收到石遵情深意长的亲笔信，劝晓说大家兄弟，血脉相连，并允诺要授予石冲尊权重兵。石冲看看信，想了想，也觉石遵言之有理，就对左右将说：“唉，都是我的弟弟辈，死的人也不能再复活了，干吗要再继续骨肉相残呢？我们回去算了。”
石冲此语，足以表明他是个涉世未深的倒霉蛋，墙头草一样，可以一怒起兵，可以一哀息兵，王族内讧，不是你死就是我活，哪可有这等儿戏。石冲话音未落，其帐下大将陈暹就突地站起，大叫道：“彭城王篡弑，天地不容，大王您尽可自己回去，为臣我率兵进攻邺城，擒获石遵，然后再奉您大驾入京。”帐中诸将也多有附和。见众怒难犯，石冲自己把握不了大局，又依众人之计继续前行。
石遵再派朝中大臣王擢携亲笔信劝谕石冲。石冲箭在弦上，不得不发，不听。
无奈之下，石遵授予石闵黄钺、金马镫等御物，派这位义弟与李农一起率十万精兵去迎击石冲。平棘之战，后赵王朝的两支精锐立阵厮杀，毕竟石闵厉害，石冲全军大败，自己也被石闵的军士在元氏县抓住，就地赐死。此外，石冲所率的三万劲卒，也都被石闵等人坑杀。
石赵内乱，慕容鲜卑出大兵二十万，虎视其境。东晋的桓温等人也进据寿春，步步逼近。
镇守长安的后赵宗室石苞见石遵称尊，也生觊觎之心：既然你能当皇上，我也有资格称帝。于是，他率关中部队准备起兵。其属下左长史石光等人谏劝，石苞大怒，诛杀石光等一百多人，深失众心。由于石苞“性贪而无谋”，关中豪右都知道这个家伙不能成大事，许多人就密谋和东晋的梁州刺史司马勋联系，准备投靠晋朝。司马勋乐得有人接应，忙率晋军奔赴，在距长安仅二百多里的悬钩扎下营盘，并攻杀后赵的京兆太守。
关内一带的地方势力闻风而动，纷纷杀掉后赵派遣的地方官，坐拥三十多座坚壁，共五万多人，和司马勋遥相呼应。
石苞还没来得及进攻邺城，东晋兵马已经来到眼皮底下，他只得暂缓夺位，派将军麻秋、姚国等人率军队出拒晋兵。石遵早已听闻石苞想来邺城推翻自己，就以讨伐东晋司马勋为名，派车骑将军王朗率二万精骑驰赴长安。石苞见救兵来到，以为石遵还不知自己的图谋，忙开城迎接。王朗马上派人逮捕石苞，捆送邺城。
司马勋见后赵援军赶到，眼见占不到多大便宜，便扭头杀向宛城，攻杀后赵南阳太守后退回梁州。
石遵听闻石苞已逮送入京，东晋司马勋退兵，深深喘了口大气。但是，他放松得太早了。
当初，石遵在李城发兵向邺城进军夺取皇位，为了“激励”石闵为自己死战，曾许诺说：“好好干，大事成功，我当立你为储君。”石遵称帝，宝位坐稳，也就“忘了”事前的许诺。