古代中国，废立皇帝是天大的事情，桓温权力再大，也要走太后这道“手序”。送呈诏草之前，桓温还怕褚太后有异议，“悚动流汗，见于颜色”。看见诏书被褚太后签字批准，桓温大喜。
公元371年阴历十五乙酉，桓温集百官于朝堂，宣示太后的废立之诏。在晋代，先前还没有经历过这样的事情，“莫有识其故者，百官震慄。（桓）温亦色动，不知所为”。这下倒好，大事决定下来，废立程序没一个知道。倒是尚书左仆射王彪之知道其事不可逆转，就建议按照《汉书》中霍光废昌邑王立汉宣帝的故事，现取《汉书》现“取经”，宣太后诏令，废司马奕为东海王（过了一年又降为海西公），以会稽王司马昱继承皇统，是为简文帝。
废帝司马奕“著白帢单衣，步下西堂，乘犊车出神兽门。群臣拜辞，莫不歔欷”。可见司马奕这位皇帝人缘还不错。这位废帝很快被送到吴县严加看管，咸安二年年底，有人诈称有太后密诏，奉迎司马奕起事还宫复位。司马奕起先还有所动，幸亏一直跟随他的保姆劝谏，他没敢轻举妄动。前来准备劫持司马奕当幌子起事的人很着急，说：“大事将捷，怎能听信女人之言呢？”废帝回答：“我得罪于此，幸蒙朝廷宽宥，怎敢妄动。假如太后有诏使我复位，应有宫使来，怎么只有你一人无凭无据来此，定是你们想作乱。”来人见事泄，赶忙逃走。从那以后，司马奕更是“深虑横祸，乃杜塞聪明，无思无虑”，终日酣饮，有宫人生下孩子，皆派人即时淹死，以求保得余年。由此，这位废帝还算命好，又活了十五年才病死，时年四十五。
一不做，二不休。桓温废掉司马奕后，又奏称简文帝的哥哥武陵王司马晞与其子和袁真通谋，欲行不轨，免掉其太宰之官，废放于家。此外，桓温又恨殷、庾两家人在朝中势大，迫使宗室新蔡王司马晃“自首”，牵告殷浩之子殷涓及庾亮之弟庾翼的三个儿子庾蕴、庾冰、庾倩等人谋反，并族诛了涉案诸人。
殷浩少与桓温齐名，成年后两人争权，殷浩失败，于乡下郁郁病死。桓温派人吊祭，殷涓不答，得罪了桓温。但庾氏一族自庾亮和桓彝起就与桓氏子一辈父一辈的老交情，庾翼又曾在关键时刻向晋明帝举荐过桓温，诛除庾氏一家数支人户，老英雄未免做事有些过绝了。
“大事”行毕，桓温废立杀人之事果然收到大成效。侍中谢安远远望见桓温，忙下跪拜礼。桓温见大名士此举也吃惊，忙问：“安石，你怎么向我行如此之礼？”谢安答：“未有君拜于前，臣揖于后。”可见，连谢安当时都把桓温当皇帝来拜了。
桓温的参军郗超官职虽不高，但朝中诸臣知道他是大司马的智囊，“皆畏事之”。谢安曾与左卫将军王坦之一起前往郗超府中拜会，由于巴结奉承的人多，两人从早晨等到中午，还轮不上被接见。王大少爷忍耐不下去，想乘车离去。谢安急忙抓住王坦之的袖子，哀求说：“难道你就不能为了宗族性命再忍耐片刻吗？”
新被桓温拥立的简文帝司马昱，字道万，是东晋元帝的小儿子。此人“少有风仪，善容止，留心典籍，不以居处为意，凝尘满席，湛如也”，是个貌美儒雅的玄言大家。如此之人，虽神识恬畅，却无济世勇略。所以，登帝位后，司马昱“常惧废黜”，只是做个皇帝幌子而已。谢安对这位影子皇帝评价甚恰当，认为简文帝是惠帝之流，只不过是清谈方面比惠帝略胜一筹罢了。
简文帝没什么福分，当皇帝才一年多，就病入膏肓。弥留之际，晋廷一日一夜发四道急诏，召桓温入朝辅政。“（桓）温辞不至”。无奈，简文帝强撑病体，亲自写信给桓温，让这位大司马“以周公居摄故事”代理朝政，并表示“少子可辅者辅之，如不可，君自取之”。
倒是侍中王坦之截留此信，在简文帝床前亲手撕碎，表示：“天下乃宣帝、元帝之天下，陛
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