这下倒好，东晋之地，本来除了桓玄、刘牢之、杨佺期等占领的广大地盘外，朝廷的号令只在三吴之地行得通。孙恩乱起，八郡皆陷，贼寇蜂起，连建康城内都有不少邪教教徒潜伏，东晋王朝几乎只剩下一个空架子。晋廷见状，忙以司马元显为领中军将军，命刘牢之与谢安之子谢琰共同率兵讨孙恩。
晋军初战告捷。谢琰、刘牢之政府正规军一到，孙恩乱民之伍根本抵御不住，纷纷败北。
乱世出英雄。正是孙恩之乱，引出一位日后功高一时，终于篡晋的大英雄刘裕。
刘裕本京口寒贱之人，“仅识文字，以卖履为生”，又好赌博，斗鸡走马，其实就是个横行乡里的流氓。刘牢之击伐孙恩，无论良莠，四处招人，只要有好身板能提枪射箭就行。由此，刘裕加入了晋军，任类似侦察排长的低级军职。一次，刘裕外出执行巡逻任务，突遇邪教贼众数千。刘裕地痞出身，军力悬殊至此，丝毫不惧，带着身边十几个人就冲上前。很快，从人皆死，刘裕本人也被贼人用枪捅到了河岸之下。邪教分子们也不怕死，一窝蜂上前，想跳下去斩杀这位东晋小头目。刘裕手执长矛，仰头乱捅，竟然又挑死数名贼人，一跃重新跳上岸，大叫冲杀，数千贼众吓得一哄而走。刘裕边叫边杀，成百邪教徒均死于他的矛下。如果当时没人看见，任凭刘裕自己怎么讲，别人也不会相信一人敌几千的“天方夜谭”，偏偏刘牢之之子刘敬宣发现刘裕侦察小分队出外很久不归营，便率军出来寻找，正好瞧见刘裕一人“独驱数千人”的奇景，一帮人一时间竟然都忘了上前帮忙，立于原地感叹不已。“因进击贼，大攻之，斩获千余人”。一战成名，刘裕就这样横空出世了。
当初孙恩攻破八郡，大笑着对手下人讲：“天下无事了，当与诸君共至建康。”不久，听说刘牢之发兵，孙恩又讲：“我割浙江（钱塘江）以东，不失作一勾践！”接着，又听闻刘牢之大军过江，孙恩倒豁达，忙讲“孤不羞走”。说话算话，孙恩忙裹胁二十多万男女百姓向东逃窜，并沿路丢弃金银财宝，推落抢来的美貌少女于道中。刘牢之所率晋军纪律很差，各自争抢美女宝物，竟使得大邪教头子逃跑而去，窜入海岛匿藏。
三吴士民翘首企盼“官军”，但刘牢之到来后却纵兵暴掠，遂大失人望。
晋廷怕孙恩再来，任谢琰为会稽太守，率兵戍守海浦。
年轻的权奸司马元显自以为平孙恩皆是自己的功劳，更是骄狂差点飞上天。左右佞谀小人有的夸他一时英杰，有的夸他风流名士，司马元显皆信以为然，命朝中大臣均要向自己行拜见礼。
趁着孙恩之乱，昔日的盟友桓玄、殷仲堪、杨佺期三人相互皆想干掉对方。杨佺期粗人，不停送书殷仲堪，要突袭桓玄。桓玄深知杨、殷两家婚姻相结，在旁伺窥自己，便上书晋廷，要求增加自己统领的地盘。为了离间这三个人，晋廷就加桓玄都督荆州四郡军事，又以桓玄的哥哥桓伟代替杨佺期的哥哥杨广为南蛮校尉。
愤惧之下，杨佺期勒兵建牙，以北伐为名（当时后泰姚兴进攻洛阳），想约殷仲堪一同出兵进讨桓玄。殷仲堪既惧桓玄，又怕杨佺期得势后骄横，不仅不答应出兵，还派堂弟殷遹屯于江陵以北，遏止杨佺
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