——刘裕击卢循
正当刘裕在广固大阅兵士、校核户籍、统计战利品数目时，患生心腹，孙恩邪教逃亡至岭南的残余势力卢循、徐道覆忽然率大军分两路直杀建康，几乎端掉东晋的首都。
卢循，字于先，小字元龙，是西晋卢谌的曾孙（大英雄刘琨最有名的《重赠卢谌》一诗，就是赠给这位东晋“大贼头”的曾祖）。其五世祖卢志，也是晋朝忠臣，曾在成都王司马颖手下任幕僚长，做过不少利国利民之事。不知咋的，到了卢循这辈，他娶了妖贼孙恩之妹为妻。孙恩生性残酷，杀人无数，当时卢循还时常加以规劝，“人士多赖以济免”，可见，卢循仍是书生性情，不算大恶之人。史载，卢循“双眸冏彻，瞳子四转，善草隶弈棋之艺”，是个不折不扣的士大夫子弟。
孙恩死后，卢循被造反余众推为首领，从海路逃到番禺。占据广州后，他又“遣使贡献”，晋廷当时正值多事之秋，便封孙恩为征虏将军、广州刺史、平越中郞将，封卢循姐夫徐道覆为始兴相。
刘裕率大兵征伐南燕的消息一传出，徐道覆非常高兴，忙派人前往广州，劝卢循乘晋廷内虚时主动出击。卢循大概当时感觉正惬意，名为大州刺史，实为小国国君，天天诗酒茶棋书画小日子过得挺爽，根本不想找东晋麻烦。
徐道覆坐不住，从始兴（今广东韶关附近）亲自赶往番禺，面见卢循，说：“朝廷一直把您当腹心之患，刘公（刘裕）现正被牵制于坚城之下（广固），等到他擒灭慕容超回朝，肯定会亲自率军齐集豫章，派锐师越山过岭，到时候，您再英明神武，也只能束手投降。今日之机，万不可失。如果我们占领都城建康，刘裕即使率军赶回，也无可奈何。如果您不从我计，我自己率始光之军单独向寻阳挺进！”“（卢）循甚不乐此举”，但又无法辩驳姐夫，只得依从徐道覆，发兵相从。
于是，徐道覆从始兴出发，一路连克南康（今江西赣州）、卢陵（今江西吉水），直杀豫章（今江西南昌）。当时，东晋镇南将军何无忌在豫章驻守，这位爷在刘牢之、刘裕手下时远谋深见，待他自己独挡一面，却显得轻佻少谋。眼见徐道覆贼兵重楼巨舰顺流而下，长史邓潜之进谏：“此战系国家安危，贼人自上流而下，舟舰大盛。我们应该掘开南塘之水，坚守城中，与其相持，俟其兵老师疲，然后趁势出击。否则，弃此万全之策，决成败于一战，万一失利，悔之无及。”
何无忌不从，命军将登战舰迎击贼兵。双方交战，大风突起，何无忌所乘的指挥船被风吹至东岸，贼军数艘大舰直逼靠来。晋兵见主帅不免，顿时崩溃，加上贼军多是三吴“思归忘死之士”，杀兴正酣，如此危急之时，何无忌还大叫“取我苏武节来”，辞色不挠。贼兵刀枪齐下，把何大将军分尸数段。
卢循方面，也是所向皆捷，连克湘东（今湖南衡阳）、长沙诸郡，进至巴陵（今湖南岳阳）。
南方诸郡败讯继至之时，晋廷还没有接到刘裕平南燕的捷报，惊慌之下，只得连遣数道急使，征刘裕回军驰援建康。本来，刘裕最初的打算是在平燕之后，驻镇下邳，休养几年后再一举攻克关洛之地。听说都城告急，刘裕只得“即日班师”，星夜驰还。
大军行至下邳，刘裕命人以船只运送辎重，自己亲率精锐部队急行军从陆路奔还。刚到山阳，何无忌死讯传来，刘裕如雷轰顶，只带数十卫士，卷甲兼行，疾驰至淮上，向过往旅客打探消息。旅人纷纷告言：“贼军还没到，如果刘公回来，我们也就没什么可怕的了。”
刘裕闻言大喜，“单船过江，径至京口”。众人见到刘裕本人，都大松一口气。
驻镇姑孰的东晋抚军将军刘毅本来在卢循刚起兵时就“抗表南征”，但忽然患病，一下子到了病危的地步。延迟数日，病势减轻，他又马上要提兵灭卢循。桓玄称帝时，刘裕、刘毅联手起兵，声名不相伯仲。眼见刘裕平灭南燕，刘毅心中不服，也想立功显威。