王镇恶乃苻坚名臣王猛之孙，自是计谋多端。他首先派人烧掉刘毅在江津的大小船只，自率步卒全船上岸，直奔江陵城杀来。半路，有人问兵将何人，王镇恶均遣人说是刘兖州（刘毅）亲军。因此，一路之上没有任何惊扰和阻挡。
离城五六里远，刘毅亲信将领朱显之正好带兵要去江津，与王镇恶军打了个照面后，心起怀疑，问：“刘兖州何在？”
王镇恶军士回答：“在后面。”
朱显之心疑，径直策马向后军赶，却不见刘毅影踪。同时他发现这些兵士皆携带攻城器械，鬼鬼祟祟。远望江上，江津船队燃烧的大火正烧红半边天。大叫一声“不好”，朱显之掉转马头奔回城里向刘毅报告，并下令关闭各个城门。
王镇恶和他手下兵士跑得也不慢，几乎是和朱显之同时疾驰入城，因此江陵诸城门未及落闸，王镇恶军已经冲入。几番恶战，刘毅退入牙城，仍与司马毛修之等督士卒力战。刘裕送与刘毅的诏敕及赦文，刘毅看都不看，均立时烧毁。
刘毅手下有不少建康士兵，而进攻的台军（都城卫戍军）与这些人中不少都是中表亲戚，“且斗且语”，双方一面格杀一面交谈，才知此次刘裕本人真的是率军亲来，“人情骇散”，渐渐不支，傍晚时分，刘毅听事厅前的卫兵已散败而去，勇将赵索也阵亡。
刘毅的亲兵仍旧忠于职守，“犹闭东西阁拒战”。半夜，毛修之由于先前与刘裕有私交，知事不济，自己带人逃走。刘毅自率几百兵士，也从北门突围，一路与王镇恶兵士勇斗，杀伤殆尽，至江陵城北二十多里的牛牧佛寺时，身边已无一个从人。
刘毅紧拍寺门，要入内躲藏。寺僧隔着门缝表示拒绝，说：“从前我师傅收容了逃跑的桓蔚，被刘卫军（刘毅）下令杀掉，现在，我们实在不敢收留陌生人。”
七年之前，刘毅平灭桓氏，严刑峻法，至此，终于有了“报应”。
刘毅愣了半天，叹道：“为法自弊，一至于此！”眼见逃藏无地，刘毅在寺门边找了棵歪脖树，自缢而死。转天早晨，有人发现刘毅尸体。人死罪不免，刘毅尸身仍被抬入江陵市内，斩首示众，兄弟子侄皆伏诛。
刘裕至江陵后，宽租
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