双方展开了为期三天的秘密会议，过程中双方在起义的领导权问题上产生了分歧，新军代表认为起义是在浙江地区进行，新军应该作为起义的主体和领导力量，振作为辅助进攻力量。但马朝云认为振南下的目的便是进攻嘉兴、杭州等地，振有八千人的精锐部队，比目前起义的杭州新军三千多人要多出两倍多，所以起义的领导权应该归于振。
这也是李天成的意思，但李天成也灵活地提出了一个建议，那就是分治的问题，李天成考虑到若是让同盟会领导的新军归到振帐下，同盟会显然不会心甘情愿，所以他再三考虑之后，可以提议和新军实行双重领导的方式，双方在名义上组成联军，但双方的军队由己方领导，不受对方干涉，这一点是李天成预先交代马朝云可以做出让步的地方，这也使得双方的合作具有一定的弹性，不会因为某些问题上分歧太大，从而使得合作中途流产。
最后马朝云拿出了李天成分治的方案，顾乃斌等人考虑之后，接受了这种目前最为合理的建议，双方达成了协议，决定振和新军组成一支联军，联合进攻杭州和浙江全省，杭州新军将积极联络浙江各地新军，促使他们配合起义，至少使他们在起义过程之中保持中立，按兵不动，对于负隅顽抗的清兵则双方都有义务联合对其进行打击。
协议规定，振和新军保持军事领导权的独立性，但双方在采取重大军事行动前，必须提前知会对方，需要双方同时采取军事行动时，双方必须事先进行沟通，协商决定如何配合对方。
在攻占杭州和浙江全省之后，如何管理浙江省问题上，双方也存在利益上的分歧，为顾全大举，双方协商一致，浙江新军起义后，退守到浙江南部地区，浙江北部的嘉兴、湖州、杭州、宁波、绍兴、金华、衢州归振控制，南部的台州、温州、丽水归新军控制，这样振在华东之地连成了一片，革命军也取得了浙江南部之地可以立足。
同盟会的人不是不想得到浙江北部之地，但他们若是想占据富饶的杭州城，就必须将浙南地区让出部分给振，这样新军控制区就被振夹在中间，这样对他们相当不利，所以他们选择了得到浙南地区，浙南地区南部与福建交界处地势险峻，易守难攻，福建的清兵也难以北上，北部与振保持暂时的安定团结，一个相对稳定的势力范围就此产生了。
虽然双方在名义上达成了军事同盟，但新军的总体战力显然不如振强大，李天成心中其实还另有考虑，此时采取的只是缓兵之计，他是想攻取浙江的战斗变得顺利一些，以免振过多损兵折将，和战争的时间拖得过长，而且通过这种方式迅速占领浙江，可以使得苏南清兵没来不及趁振南下空虚，而发动大规模进攻，振的势力范围可以迅速向南大范围延伸，使得清兵对于振的忌惮更深，成为他们真正不可小视的力量。
这个同盟协议的基础并不牢固，双方实力此时并不处于对称状态，难以达到真正的平衡，迟早会出现一方吞并另一方的局面。
李天成考虑顺利夺取浙江之后再对新军采取行动，新军这股人马要想独自与清政府对抗是很难取胜的，到时候自己再利用一些计策迫使新军彻底倒向自己的怀抱，接受成为振一支部队的番号，这样便大功告成，不但可以占领浙江全境，部队的规模还可以迅速扩大。
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