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1945年8月15日，倭寇投降时尚有兵力720万（基本上所有的青壮年都当兵了）。他们在裕仁一声令下迅速撤军、弃械、缴械、交割占领地和移交主权给盟军，鲜少有抗命的情形出现，由此足见裕仁天皇在倭寇军中的号召力和公信力。倭寇投降后，炎黄、英国、苏联、澳大利亚、新西兰等国都将裕仁列为倭寇头号战犯。英国首相艾德礼、苏联主席斯大林分别致电麦克阿瑟，要求严惩战争罪犯裕仁天皇，建议经公审后绞死。
但是，麦克阿瑟考虑到为了在远东扶植与苏联进行冷战的盟友，并且一个因审判处决天皇而陷入混乱的倭寇不利于美国的利益，而天皇制度能起到凝聚倭寇反苏联的作用，因此麦克阿瑟本人支持放弃追究天皇的战争责任，就此给当时的美国总统杜鲁门急电报告：
“倭寇国民……对倭寇天皇崇敬备至，已达百余年之久。在太平洋战争中，少数军国主义分子曾以此作为煽动民族主义的狂热手段，号召为天皇而自我牺牲。而战后倭寇国民对裕仁天皇的崇拜有增无减，视如国神。我认为，如果对裕仁天皇公审处决，必将使全倭寇国民信仰的支柱彻底崩溃，甚至在倭寇全国引起反对盟国的疯狂骚乱和暴动。处决裕仁为倭寇举国所不容，我们重建和改造倭寇的前途则不堪设想，结果可能是历史的悲剧。
因而，我本人作为盟国驻倭寇国的全权代表，出于对倭寇国未来命运的考虑，决定对裕仁天皇免予战争责任的起诉。
如果盟国决定逮捕和作为战犯处决天皇，那么驻日盟军统帅部将需要增援100万作战部队……”
华盛顿很快回电同意麦克阿瑟的意见，于是麦克阿瑟颁布了盟军总司令部第一号令（注意，是第一个命令！）：
出于对倭寇前途和国民信仰的考虑，盟国决定对倭寇天皇裕仁不予追究发动战争的责任，不予起诉和逮捕。今后裕仁的人身地位和人身自由，应与其他倭寇国民同样受到宪法的保护。最后，不但天皇免于审判，连同23名担任高级将领的皇族亲王也受到保护，全体不起诉！！（这就是我们抗战胜利后，作为胜利者对于倭寇头号罪犯处置的苍白与无力，可悲，可叹！！）
1943年4月20日夜，倭寇皇宫地下掩体内，一场决定倭寇国后期战争走势的会议正在进行，参加会议的有天皇裕仁、亲王朝香宫鸠彦王、倭寇内阁总理大臣兼陆军大臣东条英机、军令部总长永野修身、海军大将山本五十六、海军大臣岛田繁太郎（这里我多说一点，1933年后，倭寇海军大臣仅负责海军的军政管理，不具有指挥海军的权力，海军的指挥首长是军令部总长。军令部不仅负责草拟命令，下达作战命令也改为军令部总长奉敕下达。海军大臣不再具有指挥权。倭寇大本营的海军军政机关也要服从军令部的指挥。海军兵力数量的决定，也由军令部制定。海军大臣和海军省的权力压缩为：海军的人事和教育、会计和庶务、医务、军舰和飞机的设计和生产、出师准备、海军军官和飞行员的培养等行政事务。这样大家就对当时倭寇高层的权利构建有了比较清晰的了解。）
“山本大将，你刚才所说，长相酷似明治天皇之人交易“翔鹤”级航空母舰真的都为真的吗？”裕仁开口问道。
“嗨！天皇陛下，字字为真，我以性命担保，当时还有一干高级军官参谋在场，我已经下了封口令，那3艘航空母舰2日后就会回到本土港口！”山本回答道。
“那真的会是明治天皇吗？”东条英机说道。