树欲静而风不止，尼克弗瑞想要让神盾局中的九头蛇乱起来，方便他监察筛选，可惜亚历山大皮尔斯也不是好对付的主。
在得知托尼、史蒂夫等人并未丧生在厂房的消息后，九头蛇就开始做出最坏的打算。
先是亚历山大通过联合国安全理事会的指派，前往欧洲某小国进行访问。这是官方上面正儿八经的活动，即便是尼克弗瑞也根本无法阻止，除非他现在就向安全理事会通报九头蛇事件。
然后是神盾局的资料库遭到入侵，所有电子文档被销毁，通过线索追查，目标直指托尼史塔克。
再说神盾局的秘密监狱发生暴动，一名异能者能力突然发生强化，造成监狱漏洞，多名被关押人员越狱而出。
如果越狱的都是穷凶极恶的罪犯，这自然没有什么大问题。但其中有几名属于什么都没做但因为一旦能力失控就会造成重大损失的无辜者，早期开始就被神盾局控制至今。
这些人没有犯罪记录，没有经过正规程序，从法律来说，属于非法监禁行为，一旦曝光出来将对神盾局造成极其恶劣的影响，因此急需神盾局派人处理。
一连串的变故让尼克弗瑞和托尼等人的计划彻底作废，反而托尼陷入了麻烦之中。
歪打正着，贾维斯在托尼的要求下确实把神盾局的资料库都打包复制了一份。因此当九头蛇控制下的神盾局特工突入贾维斯的数据库时，托尼就已经坐实了九头蛇的陷害——非法盗取神盾局资料。
尼克弗瑞对此也是无可奈何，毕竟有些事情可以做，但不能摆到明面上来。事情已经暴露，身为局长的尼克弗瑞只能公事公办。
总的来说这次人赃并获是托尼的骄傲自大所致，自信无人能够察觉的他就如此明目张胆的把盗取来的资料库放在贾维斯的数据库中。
其实当数据库被控制的时候，只要托尼让贾维斯直接自毁，九头蛇特工根本得不到有效证据。但贾维斯作为陪伴他多年的人工智能，托尼又舍不得如此做。迟疑之下，托尼陷入麻烦之中暂时失去了筛选九头蛇的机会。
不过好在托尼的身份特殊，他的豪华律师团还是能够派得上用处，最终他还是会被无罪释放的。
史蒂夫和科尔森在一处秘密的安全屋内，听闻短短2天内发生的事情，也对九头蛇快捷精准的反击表示叹服。
尼克弗瑞头痛地听着安全理事会对他工作的质询，暂时只能沉默以对。
他没有将九头蛇的事情现在和盘托出，因为安全理事会中同样可能有九头蛇的党羽，在这种准备不足的情况下和盘托出，对他来说弊大于利。
尼克弗瑞从会议室中走出，心中已经下定决心，要乱大家一起乱。反正西特维尔已经供述了几个九头蛇的基地，他打算先把这几个基地端了，让九头蛇浮出水面。
尼克弗瑞并没有选择性地挑选心腹，而是十分随性地安排了8支小队分别突袭在美国的2个九头蛇基地。
很快，九头蛇基地被攻陷，九头蛇组织再次重现在大家面前。