二零零四年
葛城美里顺利的提升了一个年级，今年的她正好是高二 ，估计明 年 她就可以在东方归一的安排下考到长野的第二新 东京市的第二东京大学………而赤木律子今年则是考到了第二东京大学 ，比葛城美里抢先了一步 。
毕竟之前的东京和东京大都是被水给淹了，所以在长野那一边建立了一个第二新东京，同理原东京大也就是成了第二东京大 。
而同样在这一年，初号机进入了第一阶段临床实验，碇唯和冬月老司徒的计划 也开始了，说是计划，不过就是两个人之间的秘密罢了，碇唯知道的未来一定会发生补完，所以便把自己故意的融和到了初号机，成为了初号机的灵魂，当然这都是后话 。
箱根的地底第二实验室
今天是初号机的第一次启动实验，同时也是人类第一次启动eva的第一天 。
虽然说零号机已经制造完成了，但是零号机并不是打算进行实战的，所以并没有进行第一次的启动实验，而是使用技术稍微成熟一点，并且用莉莉丝的肉体制造的初号机 。
“决定了吗？唯 ，你真的打算进行那个事情吗？ 即使知道会死………你也要 。”
东方归一此时正在与一个棕色头发、身着白色大褂的女人对话，虽然话是在询问，但是却听不出任何的情感 。
“我已经 决定了，东方委员，第三次冲击迟早会来，selee的人类补完计划………为了人类的未来，同时也是为了 让真嗣看到人类光明的未来。”
“既然你执意如此，我在什么说也是没有用了 ，祝愿你计划顺利吧………… ”
东方归一是知道碇唯是不会听自己的劝的，但是他还是多嘴了，虽然说碇唯如果真的听了他的话不进行实验会改变未来，但是那也还是有些意思的 ，有碇唯的未来 ………不过结果也还是一样，碇唯还是执意将自己的灵魂融和进 初号机 。
人的执念这种东西可是很强的，一个人如果真的执意想要做一件事，那么言语的劝解是没有用的，甚至于说死亡的无法阻止 。
“在走之前我还有一个问题，东方委员你到底是怎么知道………是冬月 ”
没等到碇唯说完，东方归一便缓缓开口道 ：“不 ，只是一开始就知道你的计划罢了，甚至于在你之前就已经知道了你的计划 ，至于冬月，你放心，那家伙就现在来说就算是丢了老命也不会泄露给selee的 。”
“一开始就知道我的计划吗？东方委员的身份真的是越来越神秘了 。”
碇唯只能轻笑一声，到最后她也没能弄明白东方委员是怎么知道的她的计划的以及他的身份吗？
“ 这个东西会在你进入初号机以后 暴走的时候让你保持一丝的理智，或者是与我沟通的机会 ，就算是对你啰嗦的赔礼了 。”这时，东方归一突然伸出了手，一道光球就这样的从他的胸口出漂浮了出来落到的他的手上 ，而碇唯也被东方归一给吓到了，就是蛮 震惊 的 。
“那 ，谢谢你了，东方委员 。”碇唯深深的看了东方归一一眼，随后笑了，便接过了那个光球 。
也就是刚刚被碇唯接过，那光球便融入了碇唯的体内，又或者说是灵魂里面。
这光球是东方归一神圣之主状态的能力 ，东方归一获得了神圣之主状态以后可是好好的了解了一下这个状态可，神圣之主更像是治愈系的状态，这个治愈分为种，一种是对肉体的治愈，另一种就是对灵魂的治愈 。
灵魂上的治愈更像是心灵纠正拳，就是一种对心灵上的治愈罢了，当然，现在东方归一还是 是没鼓秋出什么灵魂攻击能力就是了 ，反而是鼓秋出了一个刚才给碇唯的光球 。
“那么 实验快开始了，再见了，东方委员 。”
“会有机会再见的 。”
之后，碇唯踏上了刚刚完成的初号机，同步率突破了 400，彻底的永远的留再了那里面，尽管赤木直子 有救援计划，但是唯是自愿留在其中的。
人的意志才是方案能否成功的关键。这一点，在后来与力天使的一战中，真嗣也融入了初号机，但他能够从初号机里出来，就是因为碇唯的灵魂跟真嗣做了意识层面的沟通，使得真嗣能够借本身的主动脱出意志脱出初号机。
就这样 儿时的真嗣也就是亲眼目睹了自己的母亲永远的留在了初号机里，灵魂留在了初号机，身体化为了lcl液体，连一点尸体都没有留下 。
妻子的失去让碗源堂悲痛不已，他不明白为什么自己深爱的妻子选择将自己的灵魂与肉身完全融合在初号机中而没有回来。